Eine weitere Aufgabe der Veterinärfachverwaltung ist die Verhütung und Bekämpfung übertragbarer Tierkrankheiten, sowie die Verhinderung der Einschleppung solcher Krankheiten aus dem Ausland (z.B. Hunde und Katzen aus dem Ausland ohne gültigen Tollwutimpfschutz). Besonderes Augenmerk wird außerdem auf Tierkrankheiten gelegt, die zoonotisch sind also auf den Menschen übertragbar. So gibt es z.B. bei Auftreten der Vogelgrippe behördliche Maßnahmen zu dessen Eindämmung. Des Weiteren stellen die Amtstierärte:innen regelmäßig Gesundheitsbescheinigungen für Tiere im Reiseverkehr bzw. bei Abgabe von Tieren ins Ausland aus.